La sfida di Naruto per rivendicare il suo onore ha inizio! Naruto è accusato di un grave crimine che non ha commesso e per questo viene incarcerato nella prigione di Hozuki Castle. Nonostante il guardiano, temendo la sua fuga, abbia preso le massime misure di sicurezza, Naruto non demorde e cerca di liberarsi anche con il sostegno morale di due carcerati Ryuzetsu e Maroi con i quali ha stretto amicizia. Riuscirà Naruto nell'impresa?
Molto tempo fa, un misterioso ninja mascherato scatenò la Volpe a Nove Code contro il Villaggio della Foglia, creando caos e distruzione. Ma il Quarto Hokage, Minato Namikaze, e sua moglie Kushina Uzumaki sigillarono il demone nel corpo del loro figlio neonato Naruto, per salvare il villaggio e sventare il piano del ninja. Anni dopo, Naruto e i suoi amici riescono a scacciare il famigerato Akatsuki, misteriosamente tornato dalla morte. Di ritorno al villaggio, i giovani ninja vengono elogiati dalle loro famiglie per aver completato una missione così pericolosa. Naruto, ricordandosi quanto si senta solo, inizia a chiedersi cosa significhi avere i genitori quando, a un tratto, una strana figura mascherata appare davanti di lui: lo stesso ninja mascherato responsabile della morte dei suoi genitori.
Il Ninja malvagio Mukade sta per essere catturato da Naruto e il suo team quando convoca il potere delle Linee Temporali – un antico canale sotterraneo del chakra. Naruto viene imprigionato dal chakra e rispedito indietro nel tempo nella città di Loran, conosciuta per le sue mille torri. Lì incontra il futuro Quarto Hokage, Minato Namikaze, in una missione top-secret e la Regina di Loran, Sara, il cui governo è minacciato da Mukade. Riuscirà Naruto a tornare nel suo tempo e può un incontro casuale nel passato salvare il futuro?
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